Historia

La historia se lleva a cabo en una Tierra ficticia (en un sistema solar muy parecido al nuestro), donde existen cuatro cristales que están ligados a los cuatro elementos. El protagonista es Cecil Harvey, un Caballero Oscuro y capitán de la flota aérea del reino de Baronía, las "Alas Rojas", la más poderosa del mundo. Junto a Kain, su amigo de la infancia y soldado de los conocidos como "Draconarius" (especialistas en usar lanzas y en ataques aéreos, ya antes vistos en Final Fantasy II y III) cumplen las órdenes del Rey de Baronía que últimamente han sido extrañas y controvertidas. Después de la llegada de Cecil de su última misión, este le cuenta al Rey sobre las dudas que tienen sus camaradas sobre sus sangrientas últimas misiones. El Rey lo toma como un acto de desconfianza y como respuesta lo releva de su puesto y lo envía a una misión forzosa junto con Kain al pueblo lejano de Mist para llevar un anillo. Al llegar los dos, el anillo automáticamente libera a muchos Boms (monstruos pirotécnicos) que acaban con ese pueblo y dejan como única sobreviviente a una niña con poderes de invocación llamada Rydia. Tras varios días de sospecha, es aquí cuando Cecil confirma que las intenciones del rey ya no son las que una vez fueron y, al ser tan drásticas, van en contra de lo que él cree correcto. Después de un momento de resolución, Cecil decide no volver al reino y Kain decide acompañarlo y llevarse a la niña para protegerla, pues accidentalmente han matado a su madre.

Inmediatamente después, un suceso extraño separa súbitamente a Cecil de Kain, dejando al primero a cargo de la niña y sin una pista sobre su amigo. Cecil se queda junto a la niña para protegerla. Es entonces cuando Cecil y Rydia descubren en su intento de regresar a Baronía al llegar al pueblo de Kaipo que Rosa ha contraído la fiebre del desierto (Rosa, preocupada por el no regreso de Cecil había decidido salir a buscarlo) y en su búsqueda del antídoto, conocen al sabio Tellah quien los ayuda con la tarea y posteriormente se les une el príncipe cobarde del reino de Damcyan Edward Chris von Muir y tras salvar a Rosa, reclutan al monje de Fabul Yang Lang Faiden. Sin embargo, en su recorrido se reencuentran una vez más con Kain quien continúa la sangrienta campaña de obtener los cristales para su rey.

El grupo pronto se da cuenta de que Kain está siendo manipulado por Golbez, un hechicero muy poderoso que asume el control de las Alas Rojas y es quien está realmente interesado en la búsqueda de los cristales. Decididos a detenerlo, el grupo (tras perder a Rosa, quien fuera secuestrada por Kain y Golbez) parte por mar hacia Baronía pero son interceptados en su recorrido por el Eidolon Leviatán, que hace que el grupo termine separándose en el mar. Cecil termina entonces en Misydia donde comenzó la campaña de las Alas Rojas para apoderarse de los cristales y como era de esperarse, es duramente repudiado por todo su pueblo, a excepción del gran sabio de la comunidad de magos del pueblo quien le dice que la única manera de poder redimirse de sus pecados y de paso obtener el poder para detener a Golbez era adentrándose al Monte Ordalía para convertirse en el guerrero de la luz, un Paladín. Para ello, es asistido por los aprendices de magos Palom y Porom. En el recorrido se reencuentran con el Sabio Tellah, que ha aprendido un hechizo poderoso para combatir a Golbez (responsable directo de la muerte de su hija Anna cuando Baronía atacó Damcyan) y tras encarar a sus demonios internos, Cecil consigue la iluminación y se convierte finalmente en Paladín.

Una vez completada esta tarea, Cecil y sus compañeros se infiltran en Baronía, se reencuentran con Yang y luego se adentran en el castillo para descubrir que el rey fue sustituido por un servidor de Golbez al que Cecil y sus aliados matan, pero cuando pretendían salir del salón del trono, descubren que el subordinado aún estaba vivo y activó un mecanismo que hace que las paredes de la entrada comiencen a contraerse. Palom y Porom entonces deciden lanzar sobre sus cuerpos el hechizo de petrificación para detener la contracción y salvar a Cecil, Yang y Tellah. Desafortunadamente, al usar el hechizo bajo voluntad propia los hermanos no pueden romperlo, por lo cual quedan petrificados. Tras esto, el grupo ahora compuesto por Cecil, Tellah, Yang y Cid parten hacia Troia con el objetivo de salvaguardar el cristal de la Tierra, que aún no había sido obtenido por Golbez. Tras obtenerlo, Cecil y su grupo se reencuentran con Kain, quien les dice que si quieren recuperar a Rosa, tendrán que ir a la Torre de Zot donde está Golbez para intercambiarla por el cristal. Una vez llegan a la cima y cuando estaban por hacer el intercambio, Tellah se deja llevar por su rabia y comienza a arremeter contra Golbez lanzando hechizos muy poderosos que no surten efecto en él; Tellah entonces decide sacrificar su vida al lanzar el hechizo prohibido, Meteo, con el cual hiere gravemente a Golbez obligándolo a huir. Pero debido a que era un hechizo muy poderoso, Tellah fallece por usar toda su energía vital en el conjuro. Con Rosa y Kain (que se revela que estaba siendo manipulado por Golbez), Cecil y los demás parten hacia el Inframundo ya que han descubierto que Golbez busca los cristales del mundo subterráneo para abrir un portal hacia la Luna.